Madrasah Aliyah Al-Furqan Paser merupakan sebuah sekolah formal terakreditasi B dibawah naungan Kementrian Agama Republik Indonesia, setara dengan Sekolah Menengah Atas (SMA) dengan durasi pembelajaran 6 hari/pekan (libur hari jum'at) selama 3 tahun.
A. Target
- Mampu menghafal minimal 6 juz dari Al-Qur'an.
- Mampu menghafal beberapa hadits pilihan dari kitab Umdatul Ahkam.
- Mampu menghafal mutun-mutun ilmiyah pilihan.
- Mampu memahami kaidah-kaidah dasar bahasa Arab sehingga mempunyai 4 keterampilan dasar berbahasa Arab yaitu keterampilan mendengar (istima'), membaca (qiroah), menulis (kitabah) dan berbicara (kalam).
- Mampu memahami dasar ilmu syar'i seperti Fiqh, Ushul Fiqh, Qowa'id Fiqh, Faroid, Tafsir, Ushul Tafsir, dan ilmu alat seperti Nahwu, Shorof dan lainnya.
- Mampu memahami pelajaran-pelajaran penunjang seperti Matematika, Bahasa Inggris, Ekonomi, Sosiologi dan lainnya.
B. Mata Pelajaran
- Mata Pelajaran Pendidikan Agama Islam, yaitu: Al-Qur'an Hadits, Akidah Akhlak, Fikih, Sejarah kebudayaan Islam, Bahasa Arab.
- Mata Pelajaran Umum, yaitu: Pendidikan Kewarganegaraan, Matematika, Bahasa Indonesia, Bahasa Inggris, Sejarah Indonesia, Ekonomi, Geografi, Sosiologi, Sejarah
- Mata Pelajaran Pondok Pesantren, yaitu: Nahwu, Ilmu Tajwid, Ilmu Tafsir, Mutun, Ushul Tafsir, Ushul Fiqh, Qowa'id Fiqhiyyah, Mushtholah Hadits, Faroid.
C. Ijazah
Alumni Madrasah Aliyah akan mendapatkan ijazah negara dan ijazah khusus Pondok Pesantren Al-Furqan Paser. Ijazah khusus pondok ini akan sangat berguna apabila ingin melanjutkan studi ke Universitas Islam Madinah Arab Saudi.