Berawal dari keinginan kuat untuk mendakwahkan islam sampai ke pelosok negeri, maka setelah lulus dari Universitas Islam Madinah tahun 1996 Ustadz Ahmad Zaini Shabri, Lc bersama teman-teman berkeinginan untuk mendirikan sebuah yayasan yang bergerak di bidang pendidikan dan dakwah islam, maka atas pertolongan Allah Ta'ala pada tahun 1997 mereka pun mendapat hibah tanah dari Pemerintah Desa Suliliran Baru seluas 76.500 m2 yang kelak akan dibangun di atasnya Pondok Pesantren Al Furqan Paser.

Kemudian pada bulan Februari tahun 1998 mulailah mendirikan yayasan setelah berhasil menjalin kesepakatan MOU dengan Yayasan Lajnah Khairiyah Musytarakah Jakarta yang juga menjalin kerjasama dengan Yayasan Ihya At Turots dari Kuwait.

Tak berselang lama hanya butuh waktu kurang lebih 1 tahun maka pada bulan Desember tahun 1999 alhamdulillah selesai lah proses pembangunan gedung Pondok Pesantren Al Furqan Paser, kemudian bersamaan dengan itu pula dibukalah penerimaan satri baru untuk angkatan pertama jenjang Tsanawiyah Tahun Pelajaran 2000/2001 setelah sebelumnya mendapat izin penyelenggaraan dari Kementrian Agama.

Jumlah pendaftar pada saat itu hanya berjumlah 40 orang santri dan sebagian besar dari mereka anak-anak yatim, dikarenakan terkena seleksi alam maka yang mampu bertahan sampai lulus dari jenjang Tsanawiyah hanya berjumlah 17 orang saja.

Pada tahun 2003 dibukalah pendaftaran untuk jenjang Aliyah dengan hanya 17 orang santri saja, kemudah seiring berjalannya waktu terseleksi kembali oleh alam sehingga hanya menyisakan 10 santri saja yang mampu bertahan dan lulus padah tahun 2006 sekaligus menjadi alumni angkatan pertama untuk jenjang Aliyah.

Kini Pondok Pesantren Al Furqan Paser telah memiliki ratusan alumni baik dari jenjang Tsanawiyah maupun Aliyah, diantara mereka ada yang melanjutkan studi di banyak universitas dan perguruan tinggi baik dalam maupun luar negeri, bahkan diantara mereka ada yang sudah lulus dari perguruan tinggi dan kini kembali ke pondok untuk menyalurkan ilmu yang telah didapatkan kepada adik-adik kelasnya, kemudian diantara mereka juga ada yang menjadi pengusaha, pegawai, tenaga medis, guru dan lain-lain. Walillahil Hamdu wal Minnah